主要将领有曹文耀、伍福铭、郑铎、蒋西凤、真田一郎、王大力、许大有、陈广睿，汪大海、山本幸二、安国寺、独眼龙久木、李炎昭、丁孝恭、王维栋、沈世魁、李兆基、徐彪、武三思、徐广、徐兴等。除此之外，还有原飞虎军监军张虎等。

大致陆军将领最多，有六十余，海军将领次之，只有四十多。这些中高级将领来源复杂，有降倭出身、有飞虎军出身、有南都三大营降军和勋贵亲兵出身、有原吴淞水营出身、有辽东矿工降兵出身。

但他们如今都有一个共同的名字——大明皇军。